養(yǎng)殖池塘中，微囊藻等藍(lán)藻類、裸（甲）藻，膝溝藻等對養(yǎng)殖危害極大的藻類，死亡后分解產(chǎn)生藻毒素，主要是神經(jīng)毒素和肝毒素。

神經(jīng)毒素使養(yǎng)殖動(dòng)物神經(jīng)麻痹，導(dǎo)致反應(yīng)遲鈍、痙攣抽搐、呼吸系統(tǒng)麻痹，嚴(yán)重者死亡；肝毒素導(dǎo)致養(yǎng)殖動(dòng)物肝中毒，引起肝胰臟腫大、萎縮、壞死，腸炎出血等病理癥狀。

主要是病毒，細(xì)菌的內(nèi)毒素、外毒素和真菌毒素。如黃曲霉素、嘔吐毒素等，這些因飼料發(fā)霉導(dǎo)致的毒素可以導(dǎo)致肝臟受損。

寄生蟲同樣可以產(chǎn)生毒素，同樣可以間接或直接損傷肝臟。

有機(jī)物分解過程中的有毒有害的中間產(chǎn)物和最終產(chǎn)物：如：氨氮、亞硝酸鹽、硫化氫、組胺、吲哚等。

養(yǎng)殖過程中經(jīng)常使用的消毒劑、殺蟲劑、抗菌藥、過量施用化肥等，這些投入品使用后，本身有毒性殘留或者本身無毒但與水體的其他物質(zhì)反應(yīng)產(chǎn)生新的有毒物質(zhì)。

這些有毒物質(zhì)，導(dǎo)致養(yǎng)殖動(dòng)物肝胰臟功能受損，引起慢性中毒，抵抗力下降，繼發(fā)感染病毒細(xì)菌，甚至死亡。養(yǎng)殖過程中容易產(chǎn)生有毒有害物質(zhì)的有：氯制劑、重金屬，有機(jī)磷、菊酯類殺蟲劑，抗生素、化學(xué)合成藥等。

農(nóng)業(yè)污水(農(nóng)藥、化肥等)、工業(yè)污水(重金屬、有機(jī)溶劑等)、生活污水、各種富營養(yǎng)化水體、空氣污染導(dǎo)致的酸雨等有毒有害物質(zhì)進(jìn)入養(yǎng)殖池塘，輕則浮頭，重則泛塘。

蛋白能量比不平衡， 脂肪酸敗 過多的蛋白質(zhì)轉(zhuǎn)化為脂肪儲存，易導(dǎo)致脂肪肝。脂肪酸敗導(dǎo)致肝細(xì)胞萎縮。

pH值過高，會腐蝕鰓。過低，會削弱血紅蛋白的載氧能力，即使溶氧充足也會表現(xiàn)為浮頭。pH值還通過影響其它的環(huán)境因子而間接影響?zhàn)B殖動(dòng)物的生長。

在養(yǎng)殖過程中，還有各種各樣的未能檢測到對養(yǎng)殖動(dòng)物危害較大的因素。