土壤中微生物的種類較多，有細菌、真菌、放線菌、藻類和原生動物等。數量也很大，1克土壤中就有幾億到幾百億個。大部分土壤微生物對作物生長發育是有益的，它們對土壤的形成發育、物質循環和肥力演變等均有重大影響，當然也有那么些不被人喜歡的致病微生物。正是有了土壤微生物的默默耕耘，大地才會有春華秋實的生生不息。那么微生物在土壤中究竟做了些什么呢？

土壤微生物在自己的生活過程中，通過代謝活動的氧氣和二氧化碳的交換，以及分泌的有機酸等有助于土壤粒子形成大的團粒結構，最終形成真正意義上的土壤。

作物的殘根敗葉和施入土壤中的有機肥料等，只有經過土壤微生物的作用，才能腐爛分解，釋放出營養元素，供作物利用，并形成腐殖質，改善土壤的結構和耕性。

土壤微生物還可以分解礦物質，土壤微生物的代謝產物能促進土壤中難溶性物質的溶解。例如解淀粉芽孢桿菌、膠凍樣芽孢桿菌等具有分解釋放出可溶的磷鉀元素及中微量元素，既增進了土壤肥力，又為作物提供了可吸收利用的營養元素。

一些固氮菌可借助其固氮作用將空氣中的氮氣轉化為植物能夠利用的固定態氮化物，相當于土壤有了自己的氮肥生產車間了。

土壤中各種微生物之間有互惠互利的，也有相互敵對的。例如，土壤中存在一些抗生性微生物，如枯草芽孢桿菌，其能夠分泌抗生素，抑制病原微生物的繁殖，這樣就可以防治和減少土壤中的病原微生物對作物的危害。

膠凍樣芽孢桿菌、側孢短芽孢桿菌、枯草芽孢桿菌等能產生赤霉素、細胞激動素、微生物酶、細菌多糖等生理活性物質，促進作物營養吸收和生長代謝。

最后：微生物還可以降解土壤中殘留的有機農藥、城市污物和工廠廢棄物等

某些微生物，如側孢短芽孢桿菌能降解有機污染物，降低殘毒危害。當然，這些所有的功能都是由不同種群的微生物完成的，每一個功能的實現也需要有大量的微生物共同工作才行。