目前微生物制劑中芽孢桿菌為好氧菌(或兼性)，硝化細菌為嚴格好氧菌，使用含有這類活菌的產品，一定要保持水體足夠的溶氧，才能維持細菌快速繁殖和對污染物的有效分解。

以硝化細菌為例，每毫克氮經過整個硝化作用途徑后，氨氮轉變為硝酸鹽需要4.75mg溶解氧來“清除”含氮物質釋放的電子，所以保持較高的溶解氧對于硝化細菌是必要的，研究表明水中溶氧至少大于2 mg/L是硝化細菌進行正常的硝化反應所必需的。

池塘底部低溶氧會影響生物底改的使用效果。大多數養殖者更喜歡顆粒型生物底改，他們認為既然是底改，當然要沉到塘底才能更好的發揮作用。

但是池塘底部是污染最嚴重的區域，尤其是養殖的中、后期，底部積累的耗氧因子往往會使底部溶解氧消耗殆盡，如果生物底改中沒有耐低氧菌株(≤0.5～1.5 mg/L)，那么這些細菌在缺氧的環境中生長繁殖并不理想，雖然直接到了底部，但大部分細菌休眠或沒有繁殖，甚至死亡，即使投入很多菌也無濟于事。有些生物底改劑推薦配合增氧粉(顆粒)使用，也是通過增加溶氧來促進生物底改的效果。

在藻類光合作用下，低堿度水體(CaC0 含量<50 mg/L)相對于高的水體(CaCO 含量80～150 mg/L)有更大的pH值波動。

每種細菌都有一個最佳pH值范圍，過大的pH值波動會影響微生物制劑效果，如硝化細菌雖然各種亞硝酸細菌和硝酸細菌生長的最適pH值不同，但它們都在微堿性反應的環境中良好地生長，對pH值的變化反應明顯。硝酸細菌如硝化桿菌(Nitrobaeter)為pH值為8.3～9.3，一般在中性或微堿性條件下生長最好。

硝化細菌類產品需要養殖水體保持較高的堿度才能很好的發揮作用，理論上計算硝化細菌氧化1 mg N—NH4 ，需要消耗7.14mg堿度。池塘底部污染嚴重時，發酵產生的有機酸積累，堿度太低，會使底部pH值很低，會嚴重影響芽孢類微生物制劑對池塘底部的改良效果。有的細菌不耐高鹽度，產品中活菌投水后死亡率高也是影響效果的原因之一。